新西暦１７９年、南アタリア島へ落下したＡＳＳ−１（後のマクロス）によって、地球外知的生命体の存在がより確実なものとなり、地球連邦政府や地球連邦軍は彼らと戦闘状態に陥ったことを想定して様々な対策を打ち立てた。そして、その最たるものが超大型宇宙戦艦ヱクセリヲンやマクロスを中心とした特別宇宙軍・ＳＤＦであった。 　新西暦１８７年、ネオ・ジオンを筆頭とする反地球連邦勢力が台頭する中、異星人が本格的な侵略活動を開始。さらに使徒、異世界バイストン・ウェルから来たドレイク軍、戦闘種族であるゼントラーディ軍などが現れ、地球圏の状況は混乱を極めた。 　やがて、地球圏の平和を願う若者達により、スーパーロボットを主力としたロンド・ベル隊やＳＤＦ艦隊が結成される。彼らは激戦の末に地球圏の争乱を鎮め、知的生命体の天敵である宇宙怪獣をも敗って一時の平和を勝ち取るのだった。