新西暦１８８年。地球連邦への叛意を露わにした木星帝国、新たな異星人勢力との交戦、邪魔大王国の侵攻、ゾンダーの暗躍などによって、地球圏は再び戦乱の渦に巻き込まれた。　 　それらの事態に対し、大空魔竜戦隊やＧＧＧ、ロンド・ベル隊などに所属する歴戦の勇士達は独立遊撃隊「αナンバーズ」を結成。数々の戦いを乗り越え、超エネルギー・ビムラーの覚醒、意志を持つ遺跡オルファンとの接触を経験する。その後、αナンバーズは地底勢力や異星人勢力、ゾンダーとの戦いで勝利を収め、ネオ・ジオン軍と木星帝国による地球へのアクシズ落としも阻止する。 　その直後、地球の守護者を名乗る人造神ガンエデンが現れ、強力な結界によって地球と人類を外界から遮断しようとする。激戦の末、αナンバーズはガンエデンを破壊することに成功し、地球圏の争乱はひとまずの終結を迎えた。 　だが、αナンバーズはまだ知らない…ガンエデンの消滅が人類を終焉の銀河へ導くきっかけになったことを…。