スパロボでは戦闘で得た資金を使用して、インターミション内で機体を改造して強化することが可能。 スキルパーツとはキャラクターを育成できるアイテムで、能力を上げるものから、特殊能力を覚えるものなど様々な種類がある。 スキルパーツ「SPアップLV+１」は、キャラクターに使用することで、SP（精神コマンドを使用する際に必要）を５プラスすることができる。 ※2007年にDSで発売した「スーパーロボット大戦W」と 　同様、スキルパーツは使いきりとなっている。 インターミッション内で、戦闘で手に入れた強化用のパーツを、機体に装備させることができる。 装備させることで、能力値をあげたり特殊能力を追加したりすることができる。 今回ボスボロットに装備させた「フライトモジュールA」は地形適応「空A」を追加することができる。 そのため本来空を飛べないボスボロットでも空中で戦うことができるようになる。