「スーパーロボット大戦Ｚ」では、「男主人公」と「女主人公」のいずれかを選択し、ゲームを進めていくことになる。 選んだ主人公によって、ゲーム開始時の時代設定が変わる（１話は男主人公と女主人公で分岐する）。 なお、主人公の名前や誕生日・血液型設定は変更可能。 また、誕生日・血液型によって、主人公の精神コマンドが変わる。