今作では、『第３次スーパーロボット大戦α』の小隊システムと『スーパーロボット大戦ＯＧ』のツインバトルシステムが融合した新戦闘システム「トライバトル」を採用。
プレイヤーは、インターミッションで最大３機のユニットで小隊を編成。
これまでの小隊システムのコスト制は廃止され、プレイヤーの好みで自由自在に小隊を編成する事が出来る。
今作では、編成された全ての小隊が一画面に表示されるため、部隊の状況が一目でわかるようになっている。
「第３次α」にはコスト制限があり、重量級の機体には大きなコストがかかっていたが、今作ではコスト制が廃止されたことにより重量級のスーパーロボットのみの小隊も編成可能。
小隊に編成されていないユニットはリザーブ画面に並ぶ。
手軽にトライバトルシステムを楽しめるように、
サポートコマンドの中に小隊を自動編成する機能を搭載（自分自身で編成することも可能）。
小隊を自動で編成するために、以下の二つの方針のどちらかを選択。
ベーシック派？ バランス派？
ロマン重視か、機能重視か……
方針を決定すると、自動編成がスタート。
小隊、完成！
ただ今、編成中……選択した方針に沿って、
次のマップに出撃するための小隊が完成。
トライバトルシステムでは、小隊長を中心に、小隊内のユニットが協力して戦闘に参加する。
ここでは、最も基本的な小隊攻撃を紹介。
攻撃する敵を選択。
小隊攻撃が発生する状態にして、戦闘開始。
小隊長と小隊員が勢揃い。今まさに攻撃開始の瞬間！
その後、小隊員の小隊攻撃が表示される。
左からバルディオス、セイバーガンダム、∀ガンダム。
まずは小隊員が攻撃開始！
上下に分割された画面でアニメーションが展開される。
とどめは全画面を使った小隊長の迫力の攻撃！
これはトライバトルシステムの攻撃方法の一例。
『スーパーロボット大戦Ｚ』では、小隊の編成や選択する武器によって、様々な攻撃方法が存在する。
