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「バルマー戦役」において、地球側は人為的に引き起こした超重力崩壊で宇宙怪獣との決戦を制した。だが、その時に発生した衝撃波が地球圏へ迫りつつあった。
 人類は「イージス計画」の超広範囲重力シールド網によってそれを防ごうとするが、地球圏では内乱が起きてしまう。元ロンド・ベル隊のメンバーは事態を収拾すべくプリベンターと共に出撃…しかし、シュウ・シラカワとの戦闘中に発生した時空の歪みに巻き込まれ、未来の地球へ飛ばされてしまう。
 惑星ゾラと呼ばれる未来世界では、支配階級イノセントや月の民ムーンレィス、恐竜帝国、ミケーネ帝国などが覇権を争っていた。そして、プリベンターはジロン・アモスやロラン・セアックなど平和を願う未来人達と共に激戦を突破していく。
 そして、地球浄化のために人類の滅亡を目論むアンセスターをも倒したプリベンターは現代へ帰還…再び現れたシュウ・シラカワを撃破し、イージス計画を完遂する。そして、地球圏は超重力崩壊の衝撃波から救われた。